В соответствии с приказом Росгидромета от 11.10.2012 г. № 608 «О реорганизации ФГБУ подведомственных Департаменту Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды по Северо-Западному федеральному округу» Федеральное государственное бюджетное учреждение «Калининградский центр по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды» становится филиалом Федерального государственного бюджетного учреждения «Северо-Западное управление по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды» и переименовано в Калининградский центр по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды – филиал Федерального государственного бюджетного учреждения «Северо-Западное управление по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды».